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刊号:ISSN 1000-7083
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藏羚羊基因组微卫星分析与初步验证
Genome-wide Characterization and Identification of Microsatellites in Pantholops hodgsoni
都玉蓉1,2, 谭春敏3, 徐永涛1, 周智红1, 马建滨1,2*, 郭松长4*
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DOI:
作者单位:1. 青海师范大学生命与地理科学学院, 西宁 810008;
2. 青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室, 西宁 810008;
3. 青海省三江源民族中学, 西宁 810001;
4. 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室, 西宁 810007
中文关键字:藏羚羊;基因组;微卫星;多态性
英文关键字:Pantholops hodgsoni; genome; microsatellite; polymorphism
中文摘要:为明确藏羚羊Pantholops hodgsoni核DNA中微卫星分布情况和特征,利用MISA工具对藏羚羊基因组进行微卫星扫描。在全长2 696.89 Mb的藏羚羊基因组中,搜索到723 135个微卫星座位,其中完全型微卫星有675 809个。6种重复类型中,单核苷酸重复最多,有471 142个,占69.72%;其次是二核苷酸、三核苷酸,分别为88 832个和86 658个,占13.14%和12.82%;六核苷酸最少,仅215个,约占0.03%。以藏羚羊基因组DNA为模板对微卫星座位进行验证,在100个微卫星座位中筛选到8个具有多态性的微卫星座位,多态比例约为8%。本研究将为研究藏羚羊微卫星标记、群体遗传多样性、藏羚羊保护生物学提供基础。
英文摘要:To investigate the distribution and feature of simple sequence repeats or microsatellites (1~6 bp repeats), we screened the entire genome of Tibetan antelope (Pantholops hodgsoni)(2 696.89 Mb) by using MISA. A total of 723 135 microsatellite loci including 675 809 perfect microsatellites were detected and characterized within the whole genome. Among these microsatellites, the most abundant repeat type was mononucleotide (69.72%), followed by di-(13.14%), tri-(12.82%), penta-(2.28%), tetra-(2.01%), hexa-(0.03%) nucleotide repeat types, and the motifs AC/GT (9.09%) and ACG/CTG (4.64%) appeared in high frequency. An approximate evaluation was conducted by randomly amplifying 100 microsatellite loci, and 8 loci (8%) were proved to be polymorphic. This study provide abundant microsatellite markers for analysis of genetic variation, construction of genetic map, as well as the conservation biology investigation in P.hodgsoni.
2016,35(6): 845-851 收稿日期:2016-08-03
DOI:10.11984/j.issn.1000-7083.20160213
分类号:Q959.8
基金项目:青海省应用基础研究计划项目(2013-Z-751;2013-Z-750)
作者简介:都玉蓉(1968-),女,教授,研究方向:动物分子生态学,E-mail:xndyr@163.com
*通讯作者:马建滨,E-mail:mjb_117@163.com;郭松长,E-mail:guo@nwipb.cas.cn
参考文献:
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