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基于RNA-seq分析美洲大蠊提取物对结肠癌细胞信号通路的影响
Molecular portrait of Periplaneta Americana extraction on colon cancer cells based on RNA-seq analysis
陈峰1, 2, 3, 陈佳松1, 2, 3, 彭锐1, 2, 3, 耿福能3*, 邹方东1, 2, 3*
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DOI:
作者单位:四川大学生命科学学院,四川省药用动物工程技术研究中心,药用美洲大蠊四川省重点实验室,成都610064
中文关键字:美洲大蠊提取物;转录组;差异基因;信号通路;功能注释
英文关键字:periplaneta americana extraction; transcriptome; differentially expressed genes; signaling pathways; functional annotation
中文摘要:美洲大蠊提取物能够抑制多种肿瘤的生长,甚至能使肿瘤细胞发生凋亡,但是美洲大蠊提取物对结肠癌细胞信号通路的影响尚不清楚。本文基于RNA-seq技术初步分析了美洲大蠊提取物联合顺铂处理结肠癌细胞后细胞内信号通路的变化。结果表明:30μM Cisplatin(顺铂)和0.6%KFXY(康复新液)联合处理组与未处理组(Control)相比,总共有1901个差异基因,其中1555个基因表达上调,346个基因表达下调;30μM Cisplatin和0.8%JFJJ(精粉酵解)联合处理组与对照相比,总共有2587个差异基因,其中2183个基因表达上调,404个表达下调;30μM Cisplatin和100μg/ml JF(精粉)联合处理组与Control相比,总共有1488个差异基因,其中1164个表达上调,324个表达下调。用WEGO和DAVID进行差异基因的GO和KEGG富集分析发现,美洲大蠊联合顺铂处理组与对照组相比,表达上调的差异基因主要富集在p53、细胞粘附分子、MAPK、细胞凋亡等信号通路;表达下调的差异基因主要富集在氨酰-tRNA生物合成、氨基酸生物合成、抗生素生物合成、碳代谢等信号通路。
英文摘要:Periplaneta Americana extraction can inhibit a variety of tumors the growth, and even induce tumor cell apoptosis. However, the influence of Periplaneta Americana extracts on signaling pathways changes in cancer cells, is still unkonwn. Therefore, in order to investigate the changes of signaling pathways in colon cancer cells treated with Periplaneta Americana and Cisplatin, the RNA-seq method was used. The results showed that, comparing to the untreated colon cancer cells (control) group, 30μM Cisplatin and 0.6% KFXY treatment group had 1901 the differentially expressed genes (DEGs), including 1555 up-regulated genes and 346 down-regulated genes; 30μM Cisplatin and 0.8% JFJJ treatment group had 2587 DEGs, including 2183 up-regulated genes and 404 down-regulated genes; 30μM Cisplatin and 100μg/ml JF treatment group had 1488 DEGs, including 1164 up-regulated genes and 324 down-regulated genes. GO analysis and KEGG pathway analysis showed the up-regulated DEGs were enriched in p53 signaling pathway, cell adhesion molecules and apoptosis, while the down-regulated DEGs were enriched in Aminoacyl-tRNA biosynthesis, One carbon pool and Biosynthesis of amino acids.
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